8. Beitrag (19.05.2012)
Hallo zusammen,
unten wieder ein neues Forschungsergebnis zur HSP im Zusammenhang mit der Gendiagnostik. Es ist sicher sehr hilfreich, wenn ihr die für uns so erfolgreiche Arbeit unserer Forscher direkt unterstützt. Am Sinnvollsten ist es, das ganz gezielt über das Zentrum für Seltene Erkrankungen der Uni Tübingen zu machen. Auch die unten aufgeführte Arbeit ist unter der Federführung der Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Uni Tübingen entstanden. Das „Tübinger Zentrum“ kann hier aufgerufen werden. Bitte als Verwendungszweck unbedingt immer „HSP-Forschung“angeben.
Gruß
Rudi
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Quelle: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22552817
A high-throughput resequencing microarray for autosomal dominant spastic paraplegia genes.
Dufke C, Schlipf N, Schüle R, Bonin M, Auer-Grumbach M, Stevanin G, Depienne C, Kassubek J, Klebe S, Klimpe S, Klopstock T, Otto S, Poths S, Seibel A, Stolze H, Gal A, Schöls L, Bauer P.
Source: Department of Medical Genetics, Eberhard-Karls-University, Tübingen, Germany.
Abstract
Hereditary spastic paraplegias (HSP) are a heterogeneous group of neurological disorders. Insidiously progressive spastic weakness of the lower extremities is the common criterion in all forms described. Clinically, HSP is differentiated into pure (uncomplicated) and complex (complicated) forms. While pure HSP is predominantly characterized by signs and symptoms of pyramidal tract dysfunction, additional neurological and non-neurological symptoms occur in complicated forms. Autosomal dominant, autosomal recessive, and X-linked modes of inheritance have been described and at least 48 subtypes, termed SPG1-48, have been genetically defined. Although in autosomal dominant HSP families 50-60% of etiologies can be established by genetic testing, genotype predictions based on the phenotype are limited. In order to realize high-throughput genotyping for dominant HSP, we designed a resequencing microarray for six autosomal dominant genes on the Affymetrix CustomSEQ array platform. For validation purposes, 10 previously Sanger sequenced patients with autosomal dominant HSP and 40 positive controls with known mutations in ATL1, SPAST, NIPA1, KIF5A, and BSCL2 (32 base exchanges, eight small indels) were resequenced on this array. DNA samples of 45 additional patients with AD spastic paraplegia were included in the study. With two different sequencing analysis software modules (GSEQ, SeqC), all missense/nonsense mutations in the positive controls were identified while indels had a detection rate of only 50%. In total, 244 common synonymous single-nucleotide polymorphisms (SNPs) annotated in dbSNP (build 132) corresponding to 22 distinct sequence variations were found in the 53 analyzed patients. Among the 22 different sequence variations (SPAST n = 15, ATL1 n = 3, KIF5A n = 2, HSPD1 n = 1, BSCL2 n = 1, NIPA1 n = 0), 12 were rare variants that have not been previously described and whose clinical significance is unknown. In SPAST-negative cases, a genetic diagnosis could be established in 11% by resequencing. Resequencing microarray technology can therefore efficiently be used to study genotypes and mutations in large patient cohorts
Automatische Übersetzung per Internet mit anschließender Korrektur
Ein High-Throughput-Resequenzierung Microarray für autosomal-dominante Gene spastische Paraplegie.
Dufke C , N Schlipf , Schüle R , Bonin M , M Auer-Grumbach , Stevanin G , C Depienne , Kassubek J , Klebe S , S Klimpe , Klopstock T , Otto S , S Poths , Seibel A , Stolze H , Gal A , Schöls L , Bauer P .
Quelle: Abteilung für Medizinische Genetik, Eberhard-Karls-Universität, Tübingen, Deutschland.
Die Hereditäre spastischen Paraplegien (HSP) sind eine heterogene Gruppe von neurologischen Erkrankungen. Schleichend progrediente, spastische Schwäche der unteren Extremitäten ist als gemeinsames Kriterium in allen Formen beschrieben. Klinisch wird die HSP in eine reine (unkomplizierte) und in eine komplexe (komplizierte) Formen unterschieden. Während die reine HSP überwiegend durch Zeichen und Symptome mit Fehlfunktionen an der Pyramidenbahn gekennzeichnet wird, treten zusätzliche neurologische und nicht-neurologischen Symptome in komplizierten Formen auf. Autosomal-dominante, autosomal-rezessiv und X-chromosomale Erbgänge sind beschrieben worden und mindestens 48 Subtypen, genannt SPG1-48, wurden genetisch definiert. Obwohl in autosomal-dominanten HSP Familien 50-60% der Ursachen durch genetische Tests ermittelt werden können, sind Genotyp Vorhersagen basierend auf den Phänotyp beschränkt. Um Hochdurchsatz-Genotypisierung für dominante HSP zu realisieren, haben wir ein Resequenzierung Microarray für sechs autosomal-dominante Gene auf dem Affymetrix CustomSEQ Array-Plattform entwickelt. Zur Validierung wurden 10 zuvor mit Hilfe der Sanger-Methode sequenzierte Patientenproben mit autosomal dominanter HSP und 40 Positivkontrollen mit bekannten Mutationen in ATL1, SPASTIN-GEN, NIPA1, KIF5A und BSCL2 (32 Basenaustausche, acht kleine Indels) [Ergänzender Hinweis: Das Wort Indel (Plural: Indels) ist eine Verschmelzung aus Insertion und Deletion bei Mutationen im Genom] auf diesem Array erneut entschlüsselt. DNA-Proben wurden von 45 zusätzlichen Patienten mit autosomal dominater spastische Paraplegie in die Studie eingeschlossen. Mit zwei verschiedenen Sequenzierungs Analyse-Software-Module (GSEQ, SeqC), wurden alle Missense / Nonsense-Mutationen in den positiven Kontrollen identifiziert, während Indels [siehe oben] nur eine Erkennungsrate von 50% hatten. Insgesamt wurden 244 gemeinsame Synonym für Single-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) in dbSNP (build 132) beschrieben, entsprechend 22 verschiedenen Sequenzvariationen, in den 53 analysierten Patienten gefunden. Unter den 22 verschiedenen Sequenzvariationen (SPASTIN-GEN n = 15, n = 3 ATL1, KIF5A n = 2, n = 1 HSPD1, BSCL2 n = 1, NIPA1 n = 0), waren 12 selten Varianten, die nicht zuvor beschrieben wurden und deren klinische Bedeutung unbekannt ist. In negativen SPASTIN-GEN-Fällen konnte eine genetische Diagnose in 11% durch die erneute Sequenzierung erreicht werden. Resequenzierung Microarray-Technologie kann somit effizient verwendet werden, um Genotypen und Mutationen in großen Patientengruppen zu untersuchen.